Atualmente, são reconhecidas no país 49.168 espécies de plantas e 117.096 espécies de animais. Desse total, a pesquisa analisou as 4.617 espécies da flora e as 12.262 espécies da fauna listadas pelo Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) e pelo Centro Nacional de Conservação da Flora do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, para as quais existem informações sobre seu estado de conservação. Elas representam, respectivamente, 11,26% e 10,13% do total de espécies reconhecidas.
Segundo o estudo, das espécies analisadas, 0,06% estão extintas, 0,01% estão extintas na natureza, 4,73% estão criticamente em perigo, 9,35% estão em perigo, 5,74% são vulneráveis, 3,98% estão quase ameaçadas de extinção, 62,82% são menos preocupantes e 13,33% foram classificadas como dados insuficientes, indicando a necessidade de mais pesquisas para avaliação. São consideradas ameaçadas as espécies nas categorias vulnerável, em perigo e criticamente em perigo.
Biomas
A Mata Atlântica foi o bioma com mais espécies ameaçadas, tanto em números absolutos (1.989) quanto proporcionalmente (25%). Em seguida vêm o Cerrado, com 1.061 espécies ameaçadas, 19,7% do total de espécies do bioma, e a Caatinga (366 espécies ou 18,2%). O Pampa tem194 espécies ameaçadas, o que equivale a 14,5%.
Já o Pantanal e a Amazônia têm as maiores proporções de espécies na categoria menos preocupante (88,7% e 84,3%, respectivamente) e também o menor percentual de espécies consideradas ameaçadas (3,8% e 4,7%, respectivamente). Em números absolutos, são 54 espécies ameaçadas no Pantanal e 278 na Amazônia.
A pesquisa analisou a fauna e a flora segundo sua ocorrência nos biomas – Amazônia, Cerrado, Caatinga, Mata Atlântica, Pampa, Pantanal e Mar e ilhas oceânicas – e tipos de ambiente (terrestre, água doce e marinho). Uma mesma espécie pode ocorrer em diferentes biomas e ambientes. Nesse sentido, 47,7% das espécies eram observadas na Mata Atlântica, 35,7% na Amazônia, 32,4% no Cerrado, 12,4% no Mar e ilhas, 12,1% na Caatinga, 8,4% no Pantanal e 8% no Pampa.
Em relação à fauna no ambiente terrestre, a maior proporção de espécies ameaçadas se encontra nas ilhas oceânicas, com 30 espécies, ou 38,5% do total de espécies terrestres no Mar e ilhas. A Mata Atlântica tem um número absoluto maior de animais terrestres ameaçados (426), mas uma proporção menor (12,8% do total de espécies terrestres na Mata Atlântica).
Espécies extintas
Ao menos dez espécies estão extintas: as aves maçarico-esquimó (Numenius borealis), gritador-do-nordeste (Cichlocolaptes mazarbarnetti), limpa-folha-do-nordeste (Philydor novaesi), peito-vermelho-grande (Sturnella defilippii), arara-azul-pequena (Anodorhynchus glaucus), e caburé-de-pernambuco (Glaucidium mooreorum); o anfíbio perereca-verde-de-fímbria (Phrynomedusa fimbriata); o mamífero rato-de-Noronha (Noronhomys vespuccii); e os peixes marinhos tubarão-dente-de-agulha (Carcharhinus isodon), e tubarão-lagarto (Schroederichthys bivius).
Além dessas, uma espécie está extinta na natureza, ou seja, depende de programas de reprodução em cativeiro: a ave mutum-do-Nordeste (Pauxi mitu), observada na Mata Atlântica.