O desmatamento cresceu cerca de 96% em setembro na Amazônia, segundo dados do Inpe (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais). O aumento é referente ao mesmo mês em 2018 e foi registrado pelo Deter, sistema que dispara alertas de desmate para embasar ações do Ibama.
 
Desde junho, a devastação na Amazônia tem apresentado crescimento em relação à série histórica do Inpe. Os meses de julho, agosto e setembro do primeiro ano do governo Jair Bolsonaro tiveram as maiores taxas de desmate desde o início dos registros do Deter, em 2015.
Junho teve aumento de 90% no desmate. Em julho, foram 278% de crescimento. Em agosto o salto foi de 222%, em relação ao mesmo período do ano anterior.
 
No mês de setembro foram devastados 1.447 km² de floresta amazônica. O Deter (Sistema de Detecção do Desmatamento em Tempo Real) não tem a função de medir precisamente a área desmatada, o que é feito pelo Prodes, divulgado anualmente apontando o desmate entre agosto de um ano e julho do seguinte. Mesmo assim, o Deter pode ser usado para apontar a tendência geral de aumento ou redução da destruição na floresta.
 
A explosão no desmatamento acabou levando, entre julho e agosto, a ataques sem provas do governo Bolsonaro aos dados de desmate produzidos pelo Inpe. O presidente chegou a afirmar que o então diretor do instituto, Ricardo Galvão, poderia estar a "serviço de alguma ONG". As informações de devastação também foram contestadas, sem apresentação de justificativa, pelos ministros Ricardo Salles (Meio Ambiente), Marcos Pontes (Ciência e Tecnologia) e pelo general Augusto Heleno (Gabinete de Segurança Institucional).
 
Galvão se defendeu do ataque e também fez a defesa dos dados do Inpe. O então diretor acabou exonerado pelo ministro Pontes no dia 2 de agosto.
 
A destruição crescente gerou alerta nos países que investem em desenvolvimento sustentável no Brasil, como a Noruega e Alemanha –através do bilionário Fundo Amazônia, que está bloqueado após Bolsonaro ter extinto os conselhos que geriam o fundo. Ambas as nações paralisaram recursos enviados.
 
Em meio ao desmate, cresceram também as queimadas, o que atraiu ainda mais atenção internacional ao Brasil e gerou uma crise da imagem ambiental do governo Bolsonaro.
As crises sobrepostas levaram a manifestações de preocupação da chanceler alemã Angela Merkel e do presidente francês Emmanuel Macron. 
 
Bolsonaro, como resposta, falou que Merkel poderia usar o dinheiro bloqueado (R$ 150 milhões) que seria enviado ao Brasil para reflorestar as matas alemãs. O presidente também menosprezou o bloqueio de dinheiro norueguês para o Fundo Amazônia.
 
Por fim, na discussão com Macron, o presidente brasileiro chegou a ofender a primeira dama francesa. Após ser criticado, disse não ter ofendido Brigitte Macron. Bolsonaro ainda recusou US$ 20 milhões de dólares (R$ 82 milhões) do G7 para combate às queimadas e chamou a oferta de ajuda de "esmola". 
 
Mas aceitou ajuda israelense. Inicialmente o país disse que enviaria material químico para conter o fogo, mas, no fim, enviou somente uma delegação com 11 especialistas em combate a incêndios.
 
A crise das queimadas, que se concentra principalmente em áreas privadas e florestas não destinadas –nas quais qualquer desmatamento e incêndio é ilegal–, levou o presidente Bolsonaro a assinar um decreto de GLO (Garantia da Lei e da Ordem) que autorizava uso das Forças Armadas para combater os incêndios.