Ceni estava na mira de outros clubes do futebol nacional, especialmente o Athletico Paranaense, em busca de um substituto para Tiago Nunes, que deixou a equipe na reta final do Campeonato Brasileiro pata dirigir o Corinthians a partir de 2020. Além disso, tinha seu nome avaliado pelo Santos como possível sucessor para Jorge Sampaoli. Mas o ex-goleiro do São Paulo optou mesmo por permanecer no Fortaleza.
Contratado pelo Fortaleza em 2018, Ceni conduziu o time ao acesso à elite do futebol nacional e ao título da Série B do Campeonato Brasileiro naquele ano. Já em 2019, faturou os títulos do Campeonato Cearense e da Copa do Nordeste, depois optando por trocar o clube pelo Cruzeiro, em agosto.
A passagem pelo time mineiro, porém, foi rápida, de menos de dois meses, e marcada por desentendimentos com estrelas do elenco. E pouco depois da sua saída do Cruzeiro, acertou seu retorno ao Fortaleza, o conduzindo ao nono lugar no Brasileirão, desempenho que classificou o time para a próxima edição da Copa Sul-Americana.
Com Ceni no comando, o Fortaleza, além do torneio continental, o primeiro da sua história, disputará outras quatro competições em 2020: o Campeonato Cearense, a Copa do Nordeste, a Copa do Brasil e o Brasileirão.